El anime El recuerdo de Marnie sigue a Anna Sasaki, una niña adoptada de 12 años sin amigos a la que Yoriko, su madre adoptiva, manda durante las vacaciones de verano a vivir a un pueblo muy tranquilo, donde gracias al aire puro mejorará sus problemas con el asma.
En el pueblo vivirá con el señor y la señora Oiwa, que son muy buenas personas y están encantados de que se quede con ellos ese tiempo.
Antes de ir al pueblo vemos a una Anna triste que dice que se odia a sí misma, pero en el pueblo parece que es más feliz, pasa el tiempo dibujando, que es su actividad favorita y además descubre una mansión que supuestamente está abandonada situada en un humedal y que le resulta familiar.
Allí en una de sus visitas se encuentra con Marnie, una niña rubia que vive en la mansión junto a su niñera y dos criadas, ya que sus padres viajan mucho y no suelen estar en casa.
Mantienen su amistad en secreto y Anna va visitando a Marnie en la mansión por las noches, cuando sube la marea y Marnie va a buscarla con su barca.
Anna y Marnie se van contando cosas de su vida y al final Anna descubre toda la historia de Marnie que hace que vea la vida de un modo diferente.
La película El recuerdo de Marnie tiene una duración de 1 hora y 43 minutos, es apta para mayores de 7 años.